• Verändertes Gameplay gegenüber der Heimversion: Rennen müssen Arcade-typisch absolviert werden, ehe ein vorgegebenes Zeitlimit ausläuft; das Passieren von Checkpoints gibt eine Zeit-Gutschrift. Schrottet man seine Maschine, bedeutet dies kein Game Over, aber eine Zeitpönale nach dem Respawn.
• Unterstützt s.g. "F-Zero License Cards" - Kärtchen mit Magnetstreifen, auf dem persönliche Renndaten gespeichert werden konnten. Eine solche Karte ließ sich bis zu 50 Mal verwenden.
• Die Tickets der GameCube-Version wurden durch "Pilot Points" ersetzt, die für diverse Aktionen (hohe Platzierung in Rennen, Zerstörung anderer Maschinen, Beendigung eines Rennens mit möglichst hoher Energieleiste) verliehen werden. Ihr Zweck im Spiel ist aber derselbe (werden zur Freischaltung von Extras wie Maschinenteilen benötigt).
• Der Automat besitzt einen Slot für GameCube-Memory Cards, mit dem freigeschaltete Piloten und Maschinen aus "F-Zero GX" in der Arcade-Version genutzt werden können. Im Gegenzug lassen sich Arcade-exklusive Strecken und Maschinenteile in "F-Zero GX" freischalten.

• Unterstützt Progressive Scan, der automatisch aktiv wird, wenn der GameCube über ein Komponentenkabel angeschlossen wird. Als eines der wenigen GameCube-Spiele unterstützt auch die PAL-Version Progressive Scan, sofern man über Drittsoftware (z.B. Swiss) ein NTSC-Signal erzwingt.
• Unterstützt Breitbild (16:9).
• Die PAL-Version unterstützt Output in 50 oder 60 Hz.

Hacker haben 2013 entdeckt, dass "F-Zero AX" in vollständig spielbarer Form in der GameCube-Version enthalten ist. Die Arcade-Version kann durch Codes freigeschaltet werden, die über ein Cheat-Modul (wie Action Replay or Gameshark) eingegeben werden.